1986 yılında Adnan Oktar "Yahudilik ve Masonluk" adlı kitabını yayınladı. Bu kitapta Oktar, Türkiye'deki Yahudilerin ve Masonların amacının, -kendisine göre "çarptırılmış Tevrat" ta da belirtildiği üzere- Türk halkının ruhani, dini ve ahlaki değerlerini erozyona uğratmak ve onları birer hayvana döndürmek olduğunu iddia etti.Yahudi ve Masonların materyalist nedenlerle, evrim teorisini, dinsizliği ve ahlaksızlığı topluma empoze etmeye çalıştıklarını öne sürdü.

Bu kitabın yayımlanmasından kısa süre sonra Adnan Oktar tutuklandı ve hapse atıldı. Daha sonra Bakırköy Ruh ve Sinir Hastalıkları Hastanesi'ne transfer edildi. Burada 19 ay boyunca gözetim altında tutuldu.

1995'de BAV "Soykırım Yalanı" adlı kitabı yayımladı.Bu kitap geniş yankılar uyandırdı.Kitapta, Holokost olarak bilinen "Yahudi Soykırımı'nın yaşanmadığını, Yahudilerin, Almanların yenilmesi ile sonuçlanan II. Dünya Savaşı sonlarında yaşanan kıtlık ve tifüs salgını nedeniyle öldüklerini" iddia etti.

1996'da ressam Bedri Baykam, Ankara'da yayınlanan Siyah-Beyaz adlı gazetede, bahsi geçen kitabı ve gerçek adını kullanmayan yazarını ağır şekilde eleştiren bir köşe yazısı yazdı. Bunun üzerine Adnan Oktar taraftarları tarafından Bedri Baykam hakkında dava açıldı. Dava devam ederken, aynı yılın Eylül ayında Bedri Baykam kitabın asıl yazarının Adnan Oktar olduğunu açıkladı.Mart 1997'de dava geri çekildi.

Oktar günümüzde antisemitizmin pagan ve Darwinist kökenleri olduğunu iddia etmektedir.Eski Ahit ve Tanah'ın "şahıslar tarafından çıkar amaçlı değiştirildiğini" iddia etmekle beraber tüm Müslümanlara "diğer dinlerin mensuplarına karşı toleranslı ve dostça bir yaklaşım içerisine girmelerini" öğütlemektedir.

2004 yılında, İsrail'deki Tel-Aviv Üniversitesi Stephen Roth Enstitüsü yetkilileri, Adnan Oktar'ın diğer dinlerin mensuplarına yönelik hoşgörüsünün arttığını düşündüklerini açıklamış, kendisinin şu an "dinler arası diyaloğu artırmaya yönelik çalışmalar yaptığını" belirtmişlerdir.