12 Kasım 1999 tarihinde içlerinde Adnan Oktar'ın da bulunduğu, Bilim Araştırma Vakfı'na (BAV) mensup 85 kişi gözaltına alındı. Bir haftaya yakın bir süre İstanbul Emniyet Müdürlüğü'nde tutulan BAV mensupları, kendilerine bu süre içerisinde çok ağır fiziksel baskılar uygulandığını, önceden hazırlanmış bazı ifadelerin kendilerine zorla imzalatıldığını iddia ettiler.Adnan Oktar BAV operasyonu sonrasında 9 ay cezaevinde tutulmuştur. Çete oluşturmak ve tehditle menfaat sağlamak suçlamasıyla cezaevinde tutulan Adnan Oktar ve Ferit Develioğlu, müştekilerin çoğunun Emniyetteki baskı sonucu şikayetçi olmak zorunda kaldıklarını söylemeleri üzerine İstanbul DGM’de görülen duruşma sonunda tahliye edildiler.İddialara göre gözaltına alınanların ailelerine, BAV yöneticilerinden şikayetçi olmaları şartıyla yakınlarının serbest bırakılacağı söylenmişti.
BAV operasyonunun gece yarısı gerçekleştirilmesi ile ilgili eleştiriler üzerine dönemin İçişleri Bakanı Saadettin Tantan, "Her şey kurallara göre yapılmıştır. Olay yargıya intikal etmek üzeredir. Onun için bu aşamada bir açıklama yapmayacağım. Şu kadarını söyleyeyim, Adnan hocanın yakalanması Apo'nun yakalanması kadar önemli. Bu adam, Apo kadar tehlikeli birisi." açıklamasını yapmıştır.
Adnan Oktar ve bir grup müridi hakkında açılan "çıkar amaçlı örgüt kurma" davası, 24 Kasım 2005 tarihinde, İstanbul 2. Ağır Ceza Mahkemesi'nin kararı ile, zamanaşımına uğradığı gerekçesiyle düşürülmüştür.Bununla birlikte Yargıtay 8. Ceza Mahkemesi sonradan bu kararı bozmuştur.Bozma kararı neticesinde, İstanbul 2. Ağır Ceza Mahkemesi Oktar hakkında yurtdışına çıkış yasağı getirmiştir.Nisan 2008'deki duruşmada ise savcı Orhan Erbay, Adnan Oktar'ın da aralarında bulunduğu sanıklar hakkında beraat istemişti.9 Mayıs 2008'de Adnan Oktar,İstanbul 2. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından, "çıkar amaçlı suç örgütü kurmak ve yönetmek" suçundan 3 yıl hapis cezasına çarptırıldı.
Oktar ile 17 sanığın yargılandığı davayı karara bağlayan İstanbul 2. Ağır Ceza Mahkemesi, Adnan Oktar'ı "çıkar amaçlı örgüt kurmak ve yönetmek" suçundan lehine olan yeni TCK'nın 220. maddesinin birinci fıkrası uyarınca 3 yıl hapis cezasına mahkûm etti. Mahkeme heyeti, "adı geçen örgütün organize bir şekilde mahkemeyi baskı altında tutmak ve yargılamayı engellemek için görsel ve yazılı basına ilanlar verdiğini belirterek, mahkeme başkanı Salih Öztürk ve üye hakim Nuran Yalınbaş'a hakaret ve iftirada" bulunduklarını bildirdi. Mahkeme heyeti ayrıca, Oktar'ın fiilinden sonraki davranışları esas alınarak TCK'nın 62. maddesinde öngörülen indirimin uygulanmasına yer olmadığına hükmetti.
