Oktar askere sevk edilmek istenmiş, 1993 yılında Eskişehir Hava Hastanesi'nden aldığı "askerliğe elverişli değildir" raporuyla askerlikten muaf tutulmuştur. Oktar, paranoid şizofreni hastası olduğuna dair 7 farklı hastaneden rapor almıştır.Adnan Oktar Vekili Av. Kerim Kalkan ise Gülhane Askeri Tıp Akademisi'nin raporunu dayanak göstererek, Adnan Oktar'ın ruh sağlığına ilişkin iddiaların gerçek dışı olduğunu iddia etmiştir.
Adnan Oktar 18 Ağustos 2000 yılında bedelli askerlikten yararlanarak, öngörülen bedeli ödemiş ve askerlikten terhis edilmiştir.